国民党在民进党弊案缠身情况下，仍未能拿下高雄。岛内学者分析，党主席马英九将饱受党内严厉的批判、检讨，加上立法院长王金平近来动作频频，昨日投票前还与陈水扁、吕秀莲会面，故马英九党内地位备受挑战。台湾中山大学政治研究所教授廖达琪就提出，马英九08年大选之路将陷苦战。但也有专家指出，由於亲民党宋楚瑜退出政坛，势将推动国亲两党整合，将为08大选「聚拢」泛蓝选票。
国民党在民进党弊案缠身情况下，仍未能拿下高雄，岛内政治评论员普遍认为马英九的08「总统之途」已平添更大变数。国民党人士不讳言，选後「国民党内的风暴不亚於民进党」，据了解，民进党主席游锡控告国民党贩卖党产，就是国民党内部的人爆的料，马英九未来面对的困境，恐怕还会再继续扩大。
著名政治评论员胡忠信指出，其实不管是2002年高雄市长选举，还是2004年「总统」大选，高雄的基本盘还是绿大於蓝。这次的两市选举结果仍然是国民党与民进党对峙，从政党政治结构来说，仍然是一种平衡。这个结果对陈水扁而言，只是维持现状，损失不大。但对於马英九来说，就是一个挑战，因为本来在对民进党揭弊的有利情况下，黄俊英应该赢5万票左右，但现在反而以1,120票败选，这对马英九的领导力是个大挑战，也意味着他的08大选之路并不会如预想的那麽顺利，因此国民党需要深刻检讨。
王与扁吕昨曾密谈
有学者指出，国民党在高雄败选，不仅是南部立委，立法院长王金平可能重新评估马英九的实力，连反马人士都势将继续坐大，要马分权；而王金平最近动作频频，不仅屡屡传出吕王联盟，就连投票大日子，还与陈水扁，吕秀莲会面密谈，引发外界联想。此外，国民党高雄败选，党内「拥连(连战)复辟」人士，诉求将更为有理。看来，马英九要想率国民党甚至泛蓝迈向08「总统」大位，显然前路已添加更多的变数。
台湾中山大学教授廖达琪认为，对高雄选举结果有点意外，因为与原先的民调不完全符合。这主要在於民进党的选举策略的确有高明之处。而且，民进党有执政优势，动员起来有资源优势。廖教授指出，马英九紧守法律的风格也是蓝营的一个走不出的阴影。变成成也小马败也小马，当民进党抛出黄俊英阵营所谓「走路工」事件，民进党由陈水扁、党主席游锡等人，一波波出来讲，但马英九可能因为「没有法律上的依据」，不敢讲得太多，变成被法律綑住手脚。
党产问题应速处理
政治评论员蔡诗萍则认为，如果以国民党在高雄该赢未赢来看，当然是输得很惨，但由结果及政治板块、结构来讲，民进党在用尽全党资源之下，黄俊英只输了1千多票。如果以选举还有很多操作的话，国民党显然比民进党「嫩」很多。民进党由陈水扁开始一直玩「一痞天下无难事」，如果国民党也玩这一套，很难想像台湾政治会是如何？会不会变得无所不用其极。但国民党在台北的得票不算大赢，我宁可它将这次选举视作输得很惨，好好思考在08年前还有什麽被人攻击的目标，如尽快处理好党产问题。这次结果反映绿军选民不吃国民党这一套，中间选民也对你有所怀疑。
