在促进港深资本市场合作方面，报告指出，港深合作的话，可在国际范围内吸引企业来港深交易所上市。报告同时建议深圳股票交易所与香港创业板商议分工合作的问题。智经研究中心认为，这种合作，一方面可以巩固提升香港国际金融中心的地位，另一方面则可以为中国目前巨额的外汇储备找到一条出路。

对于在资本市场层面的合作，深圳有关方面也表示，‘港深都会’的复合效益就是双赢。比如，香港现在的股市成交量还不如深圳，如果和深圳合作的话那就会超过上海，就会吸引更多的企业和券商的垂青。深圳方面有关人士指出，要研究港交所和深交所的联合方式如何突破。现在连伦敦证交所和纽约证交所都在考虑合作，两个国家之间的合作都不成问题，更何况是在一个国家内的合作。就商银合作提五建议

在两地商业银行之间的合作和渗透方面，报告提出了5项具体建议：一是股权合作，如深圳银行和大型企业收购和参股香港中小银行，中资银行和香港银行合资组建新机构等；二是业务产品上的合作，当中涉及港深两地的票据承兑贴现、应收账款融资、国际保理、设备抵押贷款、资信调查等业务需要港深双方的合作；三是推行QDII合作，随着QDII 的实施，银行代客理财投资的范围扩展到境外产品，目前香港是各家银行投资的主要市场，而香港与深圳之间的地缘优势和两地金融机构的密切往来，深圳银行在推行QDII方面具有先天优势；四是机构网点与资金上的合作；五是‘深圳通’与香港‘八达通’的互联互通，两地电子货币的互联和使用，除了可以达到降低现金支付的比例，减少伪钞的流通外，还可以间接地促进与实现两地双币同时流通。政府应全面规划银行合作

至于在建立港深银行合作协调机制方面，一是政府间的机制，二是银行同业间的机制。两地政府应就港深银行合作做出全面规划，研究当前合作中存在的问题及解决方案，尽快将银行合作纳入港深政府合作框架，建立合作机制，共同制定合作的具体步骤和方案，对需要国家支持的合作事项及时报请中央政府协调解决。在银行同业方面，两地银行协会可以就两地银行交往中遇到的问题展开经常化、制度化的交流。

人民币和港币跨境流通，为港深银行间开展同业拆借业务提供了货币基础。在争取申办两地银行间同业拆借市场方面，报告建议首先开展港深银行间港币同业拆借业务；其次是扩大人民币在香港流通范围；第三是在资本项目基本实现可兑换的条件下，建立港深外汇同业拆借市场，并将港深同业拆借市场联网互通。