2006年度，省审计厅主要审计了省财税部门具体组织的省本级预算执行情况，省级转移支付资金分配管理使用情况，省级部门及其所属单位预算执行情况，政府投资情况及省属企业财务收支情况；并首次组织全省审计机关对社保、国土、政府负债等3项政府性资金及教育经费投入情况进行了审计和审计调查，对旅游、千村示范万村整治、公路养路费等专项资金及建筑地方高等教育费附加的征管情况进行了绩效审计。

    审计部门在审计中发现，2006年省财政厅在年度预算执行中追加了部门预算指标18.8亿元，占年初批复部门预算的11.99%，部门预算追加数额偏高。经抽查3个部门，去年财政专项拨款12769.75万元，全年专项支出4740.68万元，专项预算使用率仅为37.12%，支出使用率较低。

    审计部门还对103家省级集中核算单位部分项目预算执行审计调查，发现有5个部门及所属单位将2395.33万元收入挂往来账或通过往来账直接列收列支；9个部门及所属单位7807.13万元财务收支未纳入单位大账，其中将收支纳入工会账475.03万元；15个省级部门中有5个部门的部分所属单位存在私设账外账、“小金库”、违规集资等问题4380.27万元；另外还有6个部门及所属单位2.37亿元的往来款项长期挂账，没有及时清理；未按有关规定处置和核销资产1208.2万元。