陈水扁下台前夕，台湾当局爆出“金援外交”重大弊案：原打算用于达成与巴布亚新几内亚“建交”的近3000万美元“金援”疑遭中间人侵吞，台行政当局副负责人邱义仁、对外事务主管部门负责人黄志芳和防务部门副负责人柯承亨等多名陈水扁亲信涉案。
邱义仁5日被台湾检方列为贪渎被告，并限制出境。邱义仁是民进党“执政”8年来陈水扁当局被列为贪渎被告的最高级别官员，会否引发岛内政坛风暴受到关注。
据报道，这一事件发生于2006年，时任台“国安会秘书长”的邱义仁交给黄志芳一件与巴布亚新几内亚“建交”的“秘密外交案”，并将中间人金纪玖介绍给黄志芳认识。当年9月14日，台对外事务主管部门将2980万美元汇到中间人金纪玖、吴思材在新加坡某银行的联名账户。其后，巴方表态无法与台湾“建交”。黄志芳随即向邱义仁报告，表示要追回款项。但后来金纪玖就失踪了，追讨款项事宜也毫无进展。
案件于今年4月底曝光后，台湾检方连日来先后传唤了邱义仁、黄志芳、柯承亨等人。据报道，台北检方在台对外事务主管部门和中间人之一的吴思材处取得2张相同的疑似回扣名单，有4名官员和3名民间人士在列，并写明了每人的分配金额和负责事项，但名单内记录的人士均否认收受回扣。
6日，检方对邱义仁、柯承亨、黄志芳等人的住处和办公场所进行了搜索，又查扣了多笔重要资料。
邱义仁和黄志芳均已承认错误，并表示愿承担最大责任。5日，邱义仁声明退出民进党，并将“永远退出政坛”。6日，邱义仁和黄志芳两人请辞本职获准。
但岛内舆论和民意代表质疑，目前暴露出来的内情只是整起案件的冰山一角，陈水扁难脱干系。有民进党人士表示，整件事情太离谱，陈水扁有严重疏失和无可回避的责任，应主动离开民进党。
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