根据《通知》，十部门组成社会保险基金专项治理工作部际领导小组(部际领导小组)，研究制定工作方案，部署启动专项治理工作。部际领导小组下设办公室，设在人力资源和社会保障部，负责日常具体工作。各省、自治区、直辖市按照统一部署，成立社会保险基金专项治理工作领导小组(省级领导小组)，结合本地区实际制定具体方案，组织实施专项治理工作。

    《通知》明确，此次专项治理的范围包括：养老保险基金（包括城镇企业职工养老保险基金和机关事业单位养老保险基金）；失业保险基金；医疗保险基金（包括城镇职工基本医疗保险基金和城镇居民基本医疗保险基金）；工伤保险基金；生育保险基金；全国社会保障基金。

    专项治理将主要针对基金征缴、支付和管理中存在的问题展开，其中包括：

    一、不依法核定社会、深险缴费基数，不及时征缴社会保险费；收入不按规定入帐，隐瞒、转移社会保险费收入；自行制定征缴优惠政策，造成社会保险费应收未收的问题。

    二、不严格执行社会保险基金支付政策，擅自扩大使用范围；不按规定及时、足额支付社会保险待遇，或管理失职，致使群众利益得不到保障；不按规定及时结算医疗费用，影响基金的使用效益；贪污、截留、挤占、挪用社会保险基金，采取欺诈手法套取、骗取社会保险基金的问题。

    三、不按规定开设银行账户、传递票据、划转资金和进行会计核算，个人账户不按规定记录，基金不按规定归集的问题。

    四、不按规定存储结余基金，不执行国家规定的社会保险基金利率政策，或违规投资造成基金损失；历史遗留的挤占挪用基金问题一直得不到解决，基金安全缺乏保障的问题。

    五、全国社会保障基金和受托管理资金执行投资政策，规避市场风险，确保基金安全，提高运营收益的情况也被纳入此次专项治理。

    根据《通知》内容，此次专项治理将分为四阶段：部署启动阶段（2008年6-8月）；自查自纠阶段（2008年9月一2009年5月）；检查验收阶段（2009年6-8月）；总结报告阶段（2009年9-12月）。